تسعى معاهد العلوم الإسلامية إلى تحقيق جملة من الأهداف منها:
ترسيخ المبادئ والقيم الإسلامية لدى المتعلمين وربطهم بحضارة أمتهم.
إعداد فئة من المتعلمين المجيدين في العلوم الإسلامية واللغة العربية.
تزويد المتعلمين بقدر مناسب من المواد والمهارات العلمية الحديثة.
تنمية روح الوطنية في نفوس المتعلمين ووصلهم بتراث وطنهم.
تهيئة مخرجات مؤهلة لمواصلة التعليم العالي.
تلبية حاجة المجتمع من الكفاءات المؤهلة في المجالات المتصلة بدراستهم.
تحقيق التكامل في شخصية المتعلم روحياً وعقلياً ونفسياً واجتماعياً وجسمياً.
